Saturday, April 23, 2016

多哈速度

2016年4月17-19日,我作为特邀讲员和IBM代表参加了在多哈举行的卡塔尔国家基因项目(Qatar Genome Project, QGP)研讨会。


这座位于卡塔尔国家会议中心(QNCC)的巨型蜘蛛雕塑可能是基因项目的最好表证。第一: 它是目前全球最大规模的国家级基因项目,目标是测序全国人口约35万(相比之下,英国的国家级项目为10万人); 第二:它已经而且会加速生成海量级数据;第三:对基因技术的保护和应用的监督将日趋重要,否则这只巨型变异蜘蛛就是一个幽默的警示。

卡塔尔国家基因项目研讨会现场。大概有近百位来自世界各地的学者专家和供应商代表参加。

这张投影图显示全球范围内新一代基因测序技术的应用热点:美国的中部和东部、欧洲的英德、中国是最热点,中东属于第二梯队,但能上榜主要归功于QGP。

这是来自中国的无锡Nextcode公司在讲解他们的远程基因医疗分析服务。在研讨会中能感受到中国在这个领域的影响力:华大基因(BGI)也是QGP的战略伙伴,华大的Magic Fang也在列席发言者中。

研讨会期间参观Sidra科研中心的测序实验室。Sidra科研部是QGP的主力军,不仅提供大规模测序,而且也进行全程数据处理和分析。和我合影的就是Sidra生科信息分析教授Ramzi。我们身后的白色机器就是一台高速测序仪,其单价就过百万美元,而QGP拥有10台这样的机器 。

2013年10月我第一次来到多哈,帮Sidra设计和组装了超级电脑和相应的大规模存储。2014年5月在多哈举行的第一次研讨会上,QGP正式宣布开始,而那时我们的超算系统已经升级了三次,应对能力绰绰有余。在随后的两年里,Sidra完成了2500套人类全基因测序和数据分析。

这是怎样一种速度呢?让我们来做个比较:人类第一套全基因测序是2003年完成的,历时13年耗资40亿美元,动用了来自6个国家20所大学和研究机构的科技资源和人力(其中包括我研究生在读的华盛顿大学遗传系和测序中心)。这项全球性项目也拉开了中国的基因科技的序幕,当时从中科院开始的项目团队后来去了深圳成立了华大基因。又一个13年过去到今天,基因测序和分析技术有了飞跃式的发展,从人体样本收集到完成测序和数据分析,现在可以在一周内完成。从13年到1周,这是700倍的提速;从那时上万科研人员的前赴后继到现在几乎全自动化的无硝烟流程,这又是何等的跃进!


现在基因分析和诊断已经成为发达国家精准医疗的必备基础设施。对于后来的发展中国家,动用国家力量和财富来追赶甚至超越西方,像卡塔尔的就是一项范例。2005年、被石油财富淹没的卡塔尔王室决定投资80亿开建Sidra医院及科研中心,力图使之成为中东乃至世界级医疗科研中心。这其中也有很实际的愿望就是发展现代医疗基础设施,那样本地的王室精贵和石油大亨看病就不用拔山涉水去欧美的一流医院如Mayo Clinic了。

2007年Sidra医院的建筑设计完成,然后从2009年开始动工建设,成为多哈甚至中东令人瞩目的工程。医院大楼由西方著名建筑师Cesar Pelli设计,可以说在多哈这个新的建筑万国博览城市里也能脱颖而出。它外形有如三个贝壳竖着嵌入在横卧的沙滩城堡,在中东单调的沙色平原上宛如天外来客。


在2013年10月我第一次来多哈参与QGP的超算系统设计时,当时的Sidra科研部首席科学家带我们参观了即将落成的医院大楼,里面从意大利式的装饰到俄罗斯的大理石面板,可谓流光溢彩,步步惊心。主任骄傲地宣告医院会在2014年内开张,相应的基因项目就可以直接从病人那儿采样了。

在那之后的半年时间里,IBM和Sidra合作以破纪录的速度建成了中东地区最先进的基因分析和存储系统。大家心里诚惶诚恐地等待医院的开门,潮水般的病人和大数据的到来。

谁知医院的开门因建设工程的拖滞一延再延,至今仍遥遥无期。期间Sidra研究部被授予了QGP项目开始在世界各地广纳贤才,但不停到来的科研人员也和元老们一样在多哈的高楼森林和迷宫般的街道里折腾。研究部工作点搬了三次家,终于在今年初落户到了Sidra医院大楼完工的一翼(在最左面的哪个贝壳之左外侧)。这也是我今天能正式参观的唯一一层楼。

参观开会完走出Sidra大楼,我拍了这张照,可以看到医院后面空荡荡的停车场的一角。大楼里面除了研究部外,也到处空空如也与2014年几乎没有任何变化。Sidra外的大街还是硝烟弥漫地在建设中,与多哈紊乱的市政特别是交通建设交相辉映。

所以有一种多哈式的速度,刻意快速的开始和美好的映像,如夜空里灿烂的烟花或是闪电,带来震撼人心的影响,但流星快快划过天空,虎头慢慢降为蛇尾,从市区内星星点点的烂尾楼和四不通八不达的永远在施工的道路就可以略知其一。

当然还有另一种多哈速度,有科学和技术的互相促进,有规划和计划的协调,也有外来力量的激发和监督,所以可以
有高效和高质的成果。到今年6月QGP第一阶段结束时,完成全基因测序的数字将会升到3000套,使卡塔尔拥有全世界最大的单国人类基因样本群,并以此进行开创性的科学研究和医疗应用。

和Sidra告别,真希望下次再来多哈时医院可以完工开业,基因测序和诊断可以在病患中展开,使卡塔尔的人民可以开始得益于他们的眼光与投资,也为世界做一个开拓者的成功榜样。虽然我不是一个中立的旁观者,还是祝愿这项全球瞩目的基因计划继续如飞快的阿拉伯羚羊(oryx)般向前奔,而不要沦落为迟钝的白色大象(white elephant)或是展览中心里那凝固在时空中的黑色蜘蛛。

初稿于2016年4月24日圣路易斯


Friday, April 22, 2016

Beautiful

April 22nd 2016, on the Hertz shuttle bus heading into LAX, a cheerful voice came through the air. "Welcome on board from your driver here! My name is Beautiful, and it spells as S-H-A-R-O-N. Hope you are having a wonderful day!" Thanks Sharon for bringing a smile to our faces and making my day beautiful already. ‪#‎xtraMiler‬

Tuesday, April 19, 2016

多哈风情

4月20日清晨,从West Bay的W Hotel往Hamad机场的途中:

寂静的街道

晨光中的都市

标新立异的建筑

拔地而起的高楼群

多哈的标志建筑之一

另一多哈标志建筑

偶尔能见的绿色

更多的绿色

政府大楼

议会大楼外的过客。整个卡塔尔有近两百万人口,但只有35万本地人有公民和投票权,其他的expat只有工作和居住权

在建中的艺术博物馆

终于到达多哈国际机场

候机大楼

候机大楼里中国商展

踏上归程

Friday, April 15, 2016

心中的”布鲁克林”

今天(4月15日)出差到多哈参加卡塔尔基因项目国际研讨会。在历时14小时芝加哥往多哈的航班飞越大西洋上空时,不经意选了一部电影在晚餐时看,然而不到5分钟就彻底被吸引乃至征服了。


这是一部加拿大/爱尔兰/英国合拍的有关跨大西洋移民的电影--”布鲁克林”(Brooklyn),讲诉50年代一位爱尔兰女孩赴美移民的故事。

大概用八个字可以概括这部出色影片的情节:生离死别,爱慕交织。当把男女的爱情,家乡的恋慕,亲人的责任,朋友的帮组,交织穿插在奋斗求存的故事里,那留给观众我的就只有说不出来的牵肠挂肚和伤心感慨。

电影也有轻松的一面,在其中我们可以体验到50年代的纽约移民生活:意大利移民酷爱通心面和棒球(道奇棒球队那时还在布鲁克林);爱尔兰移民怎样通过教会、组屋(boarding house)和社交圈彼此帮助。

电影中最令人奔溃的台词,是当女主角Eilis要返回爱尔兰奔丧探母时,她的男友拥抱着她,面对又一次可能的生离死别,千言万语化为一句:”Home is home”(家就是家啊)

还有一句台词我也特别喜欢,是组屋女主人在和年轻的Eilis相处一段时间后对她的评价:”You are sensible!"。不知道怎么恰切地翻译sensible这个英文字的意思,大概或应该就是有灵性通人情吧。英国名著”Sense and Sensibilty"被翻译为”理智与情感”,我觉得语文到了但意思尚缺。但不论怎样,爱心和灵性就应是神给每一个人最美好的礼物,就看我们能不能像Eilis那样潜移默化般用到生命里了。


8个小时后,飞机在海湾的余晖中降落多哈,行走在豪华的Hamad国际机场大楼里,那Eilis第一次离家和妈妈姐姐吻别的电影画面还是在眼前若现。迈出海关边检步入这座远离圣路易斯8个时区的新都市时,早晨送别Jon和下午告别玲的不舍之情依然飘荡在心,只是此时耳边又多了一个声音:”家就是家!"(Home is Home!")

哦,我们心中的布鲁克林!



初写于你2016年4月15日多哈W酒店

定格的方位系列

”布鲁克林”片花:https://m.youtube.com/watch?v=1ekxPFTZm1Y

Wednesday, April 6, 2016

在圣路易斯

(写得太好了!为我和玲安家圣村20+年做了最精彩的诠释。感动之余,斗胆再补上几条😎)          

在圣路易斯,有一种纯真,叫 show me state;          
在圣路易斯,有一种自由,叫 gateway to the West;      
在圣路易斯,有一种博学,叫Washington University;
在圣路易斯,有一种闲情,叫 Eckert's Farm;    
在圣路易斯,有一种逸致,叫 Festival of Hot Air Balloon;          
在圣路易斯,有一种艺境,叫 Arts Museum;          
在圣路易斯,有一种问候,叫 Which high school are you from?          
在圣路易斯,有一种心情,挥之不去,叫 home, my sweet home 🏡

Saturday, April 2, 2016

海滨少年

这是一个心意阑珊、春和日丽的三月天,在洛杉矶过度假的我们驱车到圣塔莫尼卡海滨公园游玩。在波光潋滟的太平洋边,沙细如毯的海滩蜿蜒到天边,对衬着海岸高坡上的超级豪宅和公寓。风平浪静的沙滩有半公里宽,其间点缀着五彩的游人,有嬉戏扑浪的儿童,有缠绵徜徉的情侣,也有懒散日浴的闲客。


不经意中,从我们面前走过三个大概14-15岁左右的少年,他们推拉着一辆简陋的二轮车在沙滩上缓慢前行,从车上不明显的标记看是在卖冷饮,他们没有招呼兜售,也没有东张西望,脸上交错着盼望与若有所失的神色。这时我们猜想他们肯定是无证地下商,哪敢出声惹事,就盼游客们高抬贵手能赚点小钱了。在他们身边,许多少男少女们忙于追逐海浪或自拍留影,根本没有留意到这三位同龄人慢慢划过的身影。

他们远去后,我们开始留意这个全美最奢贵城市海滨公园里的边缘人群。在滨海大道骑车溜冰奔跑散步的人潮边,半藏在一棵棕榈树后,有一位四五十岁光景的墨裔,守着一盘水果,神色不定地在等待生意的到来。不远处的沙滩上,星星点点散布着几个睡袋有人蜷卧其中,边上堆着行李包,猜想是无家可归者或是流浪汉。

于是又想到了那三位少年,有没有把他们拍下来留个纪念。一分钟后,微信里多了一条玲发来的信息,附加了这张她抓拍的照。

 

 从这定格的画面里看, 少年和人群的反差,无论是机械性的缓慢步履,还是那不和季节的黯淡衣着,或是线性而去的逆光背影,几乎是一种特殊的广告特效。在这特效中,有降低自己的谦卑,有期待机会的忍耐,也有一种执着的盼望。同样是边缘人,守株的水果贩或是躺卧的流浪汉比,那三位少年至少是在前行中给自己创造机会,在合作中互相帮助。而他们划出的风景线至少是赢得了两位游客的默默关注。

春天的海风阵阵,在这海与沙连成一线的地方,有阳光下闪烁的豪宅琼楼,有海浪轻抹的欢乐人群,但在我们定格的心里,却是那少年商贩的铿锵步伐和身影,另人难忘和唏嘘。


初稿于2016年4月10日
修改于2016年4月14日

"定格的方位”系列






新奥尔良四月天

四月的第一天,新奥尔良的雨从早落到晚,喧嚣的旅馆和不息的车流点亮了清静的马路,就如呼朋唤友的游轮客反衬着我们这堆在学楼里闭门造车的科疯疯和学狂狂。

雨中的密西西比河缓缓流过游轮码头然后折转向南, 晨光中逆流而上的行船一如往昔地折射着新奥尔良和圣路易斯这两座前法属城市一衣带水的纽带。

对我这短短两天学霸式的出差,除了走马重温不少熟悉的老街熟景外,又领悟了两条与新奥尔良的新纽带:超级电脑和有轨电车。

靠近游轮码头的大使酒店(Embassy Suites)外街上行人稀少,但酒店里人声鼎沸大呼小叫,大概就等上中午起航的游轮了。

晨曦中的游轮码头。去年感恩节我们全家就是从这儿出发去的加勒比海度假。

晨光中的密西西比河

在Poydras St 和 Tchoupitoulas St 街角,有一家叫Mother's的是N年前我和玉玲带全家第一次来新奥尔良时领略特色三明治Po-Boy的Cajun餐馆。外面看上去还是老样子。

一辆当街而过的有轨电车. 车后的长辫连着电线,也画出一道老都市de风情。


希尔顿酒店里法式情调的装饰

酒店里有关新奥尔良的旅游指南

新奥尔良雨中夜景


生命科技纽带-超级电脑

我出差参加的是第四届路易斯安纳生科计算年会. 做的专题报告题为"生命科技时代的新一代信息技术构架"。
第四届路易斯安纳生科计算年会海报。

与年会主办者之一、路易斯安纳州立大学(LSU)朴教授合影。

朴教授领导的Center for Computation & Technology (计算科技中心)是IBM的科技合作伙伴,主导有关超算和大数据整合的尖端研发,我们合作开发的Delta超级电脑上月投入使用,加入基因医疗(Genomic Medicine)的科研和应用。


Delta的一项应用场景是研究在新奥尔良地区非洲裔居民高发性糖尿病和高血压的遗传因子和环境影(图表上部)。这也算是增加了一条我和新奥尔良的合作沟通纽带吧!


记忆纽带-无轨电车

开完第一天的会从Xavier大学回到希尔顿酒店时已近9点,大堂内人潮涌涌,猜想是今天游轮上下来的游客吧。在大堂一角的一处工艺展幽幽地吸引了我。这是一辆模型电车,就如早晨在街上看到的街车一般,只是装饰得绚丽斑斓。作品名为"Streetcart - Reflection of the City"(街车-都市反思),创作者是本地的艺术家Reggie Ford (www.reggieart.com) 。

我想Reggie在手创这华彩街车折射新奥尔良城市之光时,大概没想到会勾起一位观众的对另一个城市的回忆。在这回忆里,上海的带辫子电车里充满了少年的真挚快乐和青年的激情梦想:卖3分钱的票可以从爷爷家(地丰里)门口的乌鲁木齐路站乘到上海儿童书店的石门二路,再3分钱可以坐到河南中路集邮总公司,然后把压岁钱全花在三国演义连环画和TJ特种纪念邮票上;在9号电车上我带着一位乌鲁木齐来的年轻女孩从复旦出发去黄埔江口的复兴岛看潮,记得车窗半开风吹玲的俏发如飞是无法言喻的美..1990年离开复旦赴美留学时,坐的最后的一班电车也是9号从校门到五角场-记得那儿热闹的五角街市也算是一个杨浦版法国角(French Quarter)吧,我和玲在那儿看过通宵电影吃过地摊上的大腕面。

逝水流年,地丰里已经不再,五角场也已迥然,上海淡为一座遥远的梦中故乡,圣路易斯替而为之称了我们的家园,新奥尔良也成了我和玲共同喜欢的风情都市外加带孩子们出海的港口。但这眼前的街车,好像用它那充满快乐和激情的色彩,和那无形的长辫子连着无尽的电网,从梧桐成荫丁香馥郁的上海复兴西路,到春雨绵绵四月天的新奥尔良Poydras Street, 丁丁作响地行走,宛如穿越时空的纽带飘荡在心中。

我想真正的爱,可以耐住时间和空间的尺度考验。它埋藏心底,只要一有机会比如纽带传音,就又真又活地出来了。

初稿于2016年4月2日

“定格的方位”系列