Thursday, December 1, 2016

拥抱星星的月亮

E=MC2

拥抱星星的月亮,
衍射夜空的光芒。
持守永恒的心穹,
爱是不变的矢量。

和玉玲同看“拥抱星星的月亮“有感。


Sunday, November 13, 2016

秋之叶

秋之叶

风吹秋林光已散,
雨梳霜枝影还乱。
落落斜阳亦寡欢,
翩翩枫叶不知寒。



















Saturday, July 2, 2016

圣村初夏

我们家住在圣路易郡西南角一个乡村别墅型小区,小区大门外有三棵合欢树(Mimosa), 初夏时花繁叶茂,潇潇洒洒,夺人耳目。今天细雨之中驻步树荫下,有女地主Kelly过来打招呼,得知我是邻居且爱好摄影就向我热情介绍。她说这三棵合欢是从小树枝开始入土,耕耘至今成为参天大树。她还说改天会放一盆幼枝在边上让我来取。

我从小就在上海见到这种原产于中国的树种,知道它还有豆科作物的特性:天黑或下雨时叶瓣会自动合上。后来在厦门见到的合欢与众不同,花开红色而艳丽。小区门口这三株更像上海的,清新的美丽。








想到合欢树和我们一样,远涉大洋来到圣村(St. Louis)扎下根来,开花结果,于是有感而发,赋诗并配四季歌之曲作了下面这个小video.

四季歌之圣村夏

夏季悄来莺歌长,
细雨难阻蜂飞忙.
密河两岸风光好,
只因圣村是家乡.


Saturday, June 25, 2016

夏之枫

ii家宅西南角有一株日本枫树,初夏时枝繁叶茂迎风摇曳而逍遥,今天在落日时为其留影并以小诗纪之。


夏之枫

初夏的枫树,
光影的摆渡。
让夕阳走过,
把晚风留住。







Monday, June 13, 2016

2016第一个锦标

1.

周五下午是锦标赛第一场比赛Gamers对STL Shields,双方在初夏的烈日下苦战至第五局下半节还是5:5,眼看就要以平分秋色结束,轮到Jon上场进攻,他在第三次挥棒时将球一击打到了右场,然后开始一路飞奔跑回了本垒,在队友和家长的欢呼中完成了他的有史以来第一个制胜性本垒打(Walk-off Home Run)。锦标赛结束后,周末出城的主教练LM高兴不已地赶到球场,他一见到Jon就说:“我在看Game Changer (一款球赛记录应用),怎么轮到你比赛就一下子结束了呢?! 好样的!“ 看来教练的最好作用有时不是临阵授业或发号施令,而是鼓励和激励,无论他在何方。

2

周日锦标赛决赛Gamers队STL Force,比我们大一岁的对手长得高大比得凶狠,在预赛中把Gamers打得落花流水(14:4),加上Gamers到目前为止9次尝试未得冠军的经历,大家都坐如针毡,就怕重蹈覆辙。但屋陋就怕雨,Gamers领先前四局眼看胜利在望,在第五局形势逆转被对方追上落后。在最后一局我们进攻时,全场气氛紧张,所有的家长都声嘶力竭地呐喊助威。等到2号CB上场时,已有两位球员出局,似乎大势已去,这时CB的爸爸开始了他的助阵。“This is the moment you are playing for!!" 他大声向CB呼喊,意思是这种关键时刻不正是你打球所期待的吗!说时迟那时快,CB一棒来了个双击让两位球员得分,把比分扳平自己也冲到了二垒,最后在下位球员进攻时得了致胜的一分。这般大起大落的比赛可能是Gamer第一次但肯定不是最后一次,相信这些少年球员可以从中受益非浅。而CB爸爸这样化胆战心惊为振奋人心的助威也让我学到了新的功课,如何正能量且合情理地去鼓励孩子。与这些经验和得着相比,这2016的第一个锦标就不是那么耀眼了。



Wednesday, June 1, 2016

9,354,922

以前带教会儿童班时鼓励孩子们带着自己的兴趣和热情去创造新的东西,因为这是伟大造物主赋予我们的能力。于是就有几个勇敢的女孩在白板上作画,也有一个内向的男孩写了一整页的诗感怀。



我很惭愧那时没有交上一份自己的作业做榜样,今天在2016年儿童节也算补上了。

经过两年的申请,我在IBM的第一项发明终于在昨天获得了美国专利(编号9354922)。专利发明是有关于在基因信息处理过程中的数据流程和管理。四年前,这项发明的主意就是在白板(white board)上涂鸦时蹦出来的。

以后我会对每一个勇敢的或内向的孩子说:把你的主意画出来或是写下来,也许有一天你也可以和老师一样去申请你自己的专利,而且越多越好,远远超过老师的!

Patent title: Metadata-driven workflows and integration with genomic data processing systems and techniques

Patent abstract: Systems, methods and computer program products configured to provide and perform metadata-based workflow management are disclosed. The inventive subject matter includes a computer readable storage medium having computer readable program instructions embodied therewith. The computer readable program instructions are configured to: initiate a workflow configured to process data; associate the data with metadata; and drive at least a portion of the workflow based on at least some of the metadata. The metadata include anchoring metadata; common metadata; and custom metadata. Inventive subject matter also encompasses a method for managing genomic data processing workflows using metadata includes: initiating a workflow; receiving a request to manage the workflow using metadata comprising: anchoring metadata, common metadata, and custom metadata, associating the metadata with the data; and driving at least a portion of the workflow based on the metadata. The workflow involves genomic analyzes.

USPTO Record: http://tinyurl.com/zfj4r6a

Monday, May 23, 2016

跨河战事

Jon的11U少棒球队Gamers Blue周末跨过密西西比河两次,在伊利诺伊州欧法仑(O'Fallon)举行的锦标赛中鏖战来自伊州和印第安纳州的强劲12U对手(年龄大一岁),在三场预选和淘汰赛中有两场转败为胜,于周日傍晚进入决赛。虽然最后功亏一篑未能拿下桂冠,少年球员们争抢拼搏精神可以有落日下的棒球场和归途中的大拱门为鉴,以诗表之。

跨河战事

大河牵起锦标程,
落日抹亮赛场灯。
难歇铠甲连鏖战,
抖落沙尘再出锋。

大河牵起锦标程

落日抹亮赛场灯

难歇铠甲连鏖战,
抖落沙尘再出锋。



(初稿)

欲卸下竞技铠甲,
却抖落满身尘沙。
落日催赛场点灯,
夜河渡球童争霸。


2016年5月23日初稿于圣路易斯
2016年5月25日再稿于伯克利



Tuesday, May 10, 2016

母亲节的礼物

母亲节的周末,Jon给了妈妈一份学业报告,玲翻了两页,就看到了这:



I love you, Mom

My mother, always so near
Always there, to guide my way
With a smile, always so clear
My love for her, impossible to say
To me, she’ll always be dear
Always there, to brighten my day
Her voice, I can always hear
To remind me, when the end is near

Happy Mother’s Day!

Jonathan


玲感动之余,在微信朋友圈里贴了一条:




老爸感动之余,斗胆翻译成中文也跟贴了一条:



我爱你,妈妈 
(李浩恩 11岁)

我妈妈,总那么的近,
永在那,路上的指引;
她的笑,朝露般清新,
我的爱,千言也难尽;
我妈妈,是不止的爱,
永在那,途中的启明;
她的话,我永记在心,
似提醒,终点的来临。
妈妈 ,母亲节快乐!
         
在此与大家共享,祝福天下所有的母子/母女之爱。





Sunday, May 8, 2016

多哈司机


早晨8点走出多哈W酒店,向门卫示意叫出租车去卡塔尔国家会展中心,今天(4月18日)是卡塔尔基因项目研讨会的第二天,因为要做报告所以就想早点到会场准备。门卫召来了一辆银色的宝马,我先犹豫了一下,但问清报价后觉得合理就上了车。

司机是一位来自巴基斯坦的年轻人,大概30多岁,穿着得体的西装,英语也说得我可以听懂。他热情地和我一路聊天,告诉我怎样先被劳务公司组织到第一次出国到迪拜工作,然后再因朋友介绍跳槽到了多哈,奋斗几年下来现在终于有了自己的车,接下来的目标就是接家人来多哈了。

出租车在多哈迷宫般的街道中钻行。看着车窗外掠过的几乎无尽的高楼工地和艳阳下穿着厚厚工作服的建筑工人,想到夏天最高温度可以达到45度的热爆气候,真为这几十万在异国他乡苦打苦熬的第三世界民工捏汗,也为这位司机的夺路而出安生立业而感叹,天再热人还是要出门,车还是可以开,生计还是可以谋!


我在卡塔尔的一位朋友以前在美国时是一位普通教授,在多哈也开一辆九成新的的奔驰轿车,他告诉我这儿有钱人太多,买辆欧洲豪车开上两年图个新鲜然后就抛掉,所以这儿的二手车特划算。我想这位年轻司机也是类似渠道套来他的宝马的吧。但这儿本地的阿拉伯人还都不屑开豪华轿车,他们的座驾几乎是清一色的Land Rover,车高马大地在多哈拥挤的大街上呼啸而过、威风肃杀。大多数出租车司机对这些路霸都是敢怒不敢言。

这种对外国人半不透明的歧视在中东国家俯拾即是,甚至在标榜最开放最融入西方文明的卡塔尔也不能幸免。比如外国人永远不享有公民选举权和房地产权,唯一的例外是可以在多哈的Qatar-Pearl,一个人工堆砌的半岛上购买天价共管公寓(condominium),其价格可以和纽约一比。我到多哈的第二天和同事去Qatar-Pearl逛了一圈,那儿可谓风光逦迤豪宅林立,但是人可罗雀宛如一座弃都。同事告诉我在多哈的上百万外国人几乎全都把自己当成临时工,打完工赚完钱就开路,几乎都不愿扎根在此。

我们的车终于到了卡塔尔会展中心,在开发票时,年轻司机又诚恳地问了一句:“你回来时需要车吗?我可以来接。”在我还没有反应过来时,他已经递过来一张名片,说:“打这个电话给我约,提早15分钟就行了。”

我和出租车司机的交流可谓天南海北阅人无数,但这位巴基斯坦年轻人今天真是让我从普通乘客转化成了租驾粉丝。无论工作性质身份地位种族肤色,当一个人把工作当事业,把客户当朋友,把挑战当机会,愿意而且主动地迈出一步甚至几步时,机会加成功已经不是有或无,而是何时何地兑现的问题。至于能够在卡塔尔这种在政治经济文化生活个方面都有路障的环境下打拼而且保持阳光乐观的态度,就更是难得了!

于是又想到刚才在W酒店早饭时遇到的一位澳大利亚工程师。他从土木工程建筑入行,后来发现公司特别需要在竞标时有工程背景的专家指导,他就自愿服务从此入了门,然后为了扩大战场又去学拉丁语,因为很多标书里有拉丁学术用语。这次他来多哈已经为公司合同监督执行独当一面了。也是一位愿多迈一步的多行者!

晚上研讨会结束后回W酒店时,我坐地还是这辆银色宝马,和这位多哈司机继续聊天。

于是愈发在意偶遇的多行者,也许是人在旅途的缘故,很快就碰上了一位,也是一位司机。那是从卡塔尔回美后去洛杉矶出差,在一个天光微亮的黎明,我还了Hertz出租车后上了去LAX航空站的穿梭巴士,司机是一位中年女士,胖乎乎且喜笑眯眯,大刀阔斧地把我们的行李搬上车,然后逐一询问我们的航班,并告知相应的站点,于是在沉闷黯淡的巴士里先给了大家一个亮点。车启动后在扩音器里传来了女司机亲脆愉悦的声音:”大家早!欢迎搭载我们的穿梭车!我是你们的司机。我的名字叫美丽(My name is Beautiful),它是这么拼写的:S-H-A-R-O-N!希望大家今天能有美丽和美好的一天!"

谢谢你Sharon愿为这么多素不相识者多迈一步,不仅是把你的服务,更是一份热心和爱心,如暗能量一样传递给了大家,可以在纷繁的世界前行,这大概也是和多哈司机类似的共同点吧!



初稿:2016年5月8日于圣路易斯



完美胜局

母亲节周末,Jon的11岁少棒球队Gamers Blue(蓝色赛者)参加了圣路易地区最高级别(AAA)的少棒锦标赛,赛场在Ballin市棒球场一号球场,共有7支AAA球队参加。星期天也就是母亲节早晨八点半,蓝色赛者在淘汰赛(Bracket Round)第一轮迎战切斯特菲尔市(Chesterfield)的Stixx队。Jon作为首发投球手(starting pitcher)出场,打了一场攻防兼得的漂亮仗。




以下是全场比赛的战况和部分录像。

第一局 (1st Inning)


   Jon为投球手在第一局防守段终结三名Stixx进攻者。最后一名是飞球出局。



    Jon为全队第三序列攻球手 (3rd batter)出场,在第三棒时打出单上垒球(single),送队友回本垒赢得了第一分。蓝色赛者1:0领先。


第二局 (2nd Inning)

   Jon为投球手在第二局防守段投杀(strikeout)Stixx队第三名攻球手。蓝色赛者3:0领先。


 第四局 (4th Inning)

 
    Jon为投球手在第四局防守段投杀(strikeout)Stixx队第三名攻球手。蓝色赛者3:0领先。

 
  Jon为本局首发攻球手,在第三棒时打出双上垒球(double),后来被下一位队友本垒打送到本垒得分。蓝色赛者本局结束时6:0领先。


第五局 (5th Inning)



   Jon为投球手在第五局防守段终结Stixx队第三名攻球手--飞球出局(flyout)。蓝色赛者6:1领先。




   Jon为攻球手最后一棒送了两名队友上垒,把比分顶到了9:1,因为怜悯原则(mercy rule)的规则--比赛五局达到8分或以上的就结束--所以这也是本场比赛的最后一棒。蓝色赛者击败Stixx队进入下轮比赛。

Jon这场出色的球赛也算是给观战的妈妈最好的一份母亲节礼物吧。



初稿:2016年5月8日母亲节于圣路易斯
 

Saturday, April 23, 2016

多哈速度

2016年4月17-19日,我作为特邀讲员和IBM代表参加了在多哈举行的卡塔尔国家基因项目(Qatar Genome Project, QGP)研讨会。


这座位于卡塔尔国家会议中心(QNCC)的巨型蜘蛛雕塑可能是基因项目的最好表证。第一: 它是目前全球最大规模的国家级基因项目,目标是测序全国人口约35万(相比之下,英国的国家级项目为10万人); 第二:它已经而且会加速生成海量级数据;第三:对基因技术的保护和应用的监督将日趋重要,否则这只巨型变异蜘蛛就是一个幽默的警示。

卡塔尔国家基因项目研讨会现场。大概有近百位来自世界各地的学者专家和供应商代表参加。

这张投影图显示全球范围内新一代基因测序技术的应用热点:美国的中部和东部、欧洲的英德、中国是最热点,中东属于第二梯队,但能上榜主要归功于QGP。

这是来自中国的无锡Nextcode公司在讲解他们的远程基因医疗分析服务。在研讨会中能感受到中国在这个领域的影响力:华大基因(BGI)也是QGP的战略伙伴,华大的Magic Fang也在列席发言者中。

研讨会期间参观Sidra科研中心的测序实验室。Sidra科研部是QGP的主力军,不仅提供大规模测序,而且也进行全程数据处理和分析。和我合影的就是Sidra生科信息分析教授Ramzi。我们身后的白色机器就是一台高速测序仪,其单价就过百万美元,而QGP拥有10台这样的机器 。

2013年10月我第一次来到多哈,帮Sidra设计和组装了超级电脑和相应的大规模存储。2014年5月在多哈举行的第一次研讨会上,QGP正式宣布开始,而那时我们的超算系统已经升级了三次,应对能力绰绰有余。在随后的两年里,Sidra完成了2500套人类全基因测序和数据分析。

这是怎样一种速度呢?让我们来做个比较:人类第一套全基因测序是2003年完成的,历时13年耗资40亿美元,动用了来自6个国家20所大学和研究机构的科技资源和人力(其中包括我研究生在读的华盛顿大学遗传系和测序中心)。这项全球性项目也拉开了中国的基因科技的序幕,当时从中科院开始的项目团队后来去了深圳成立了华大基因。又一个13年过去到今天,基因测序和分析技术有了飞跃式的发展,从人体样本收集到完成测序和数据分析,现在可以在一周内完成。从13年到1周,这是700倍的提速;从那时上万科研人员的前赴后继到现在几乎全自动化的无硝烟流程,这又是何等的跃进!


现在基因分析和诊断已经成为发达国家精准医疗的必备基础设施。对于后来的发展中国家,动用国家力量和财富来追赶甚至超越西方,像卡塔尔的就是一项范例。2005年、被石油财富淹没的卡塔尔王室决定投资80亿开建Sidra医院及科研中心,力图使之成为中东乃至世界级医疗科研中心。这其中也有很实际的愿望就是发展现代医疗基础设施,那样本地的王室精贵和石油大亨看病就不用拔山涉水去欧美的一流医院如Mayo Clinic了。

2007年Sidra医院的建筑设计完成,然后从2009年开始动工建设,成为多哈甚至中东令人瞩目的工程。医院大楼由西方著名建筑师Cesar Pelli设计,可以说在多哈这个新的建筑万国博览城市里也能脱颖而出。它外形有如三个贝壳竖着嵌入在横卧的沙滩城堡,在中东单调的沙色平原上宛如天外来客。


在2013年10月我第一次来多哈参与QGP的超算系统设计时,当时的Sidra科研部首席科学家带我们参观了即将落成的医院大楼,里面从意大利式的装饰到俄罗斯的大理石面板,可谓流光溢彩,步步惊心。主任骄傲地宣告医院会在2014年内开张,相应的基因项目就可以直接从病人那儿采样了。

在那之后的半年时间里,IBM和Sidra合作以破纪录的速度建成了中东地区最先进的基因分析和存储系统。大家心里诚惶诚恐地等待医院的开门,潮水般的病人和大数据的到来。

谁知医院的开门因建设工程的拖滞一延再延,至今仍遥遥无期。期间Sidra研究部被授予了QGP项目开始在世界各地广纳贤才,但不停到来的科研人员也和元老们一样在多哈的高楼森林和迷宫般的街道里折腾。研究部工作点搬了三次家,终于在今年初落户到了Sidra医院大楼完工的一翼(在最左面的哪个贝壳之左外侧)。这也是我今天能正式参观的唯一一层楼。

参观开会完走出Sidra大楼,我拍了这张照,可以看到医院后面空荡荡的停车场的一角。大楼里面除了研究部外,也到处空空如也与2014年几乎没有任何变化。Sidra外的大街还是硝烟弥漫地在建设中,与多哈紊乱的市政特别是交通建设交相辉映。

所以有一种多哈式的速度,刻意快速的开始和美好的映像,如夜空里灿烂的烟花或是闪电,带来震撼人心的影响,但流星快快划过天空,虎头慢慢降为蛇尾,从市区内星星点点的烂尾楼和四不通八不达的永远在施工的道路就可以略知其一。

当然还有另一种多哈速度,有科学和技术的互相促进,有规划和计划的协调,也有外来力量的激发和监督,所以可以
有高效和高质的成果。到今年6月QGP第一阶段结束时,完成全基因测序的数字将会升到3000套,使卡塔尔拥有全世界最大的单国人类基因样本群,并以此进行开创性的科学研究和医疗应用。

和Sidra告别,真希望下次再来多哈时医院可以完工开业,基因测序和诊断可以在病患中展开,使卡塔尔的人民可以开始得益于他们的眼光与投资,也为世界做一个开拓者的成功榜样。虽然我不是一个中立的旁观者,还是祝愿这项全球瞩目的基因计划继续如飞快的阿拉伯羚羊(oryx)般向前奔,而不要沦落为迟钝的白色大象(white elephant)或是展览中心里那凝固在时空中的黑色蜘蛛。

初稿于2016年4月24日圣路易斯


Friday, April 22, 2016

Beautiful

April 22nd 2016, on the Hertz shuttle bus heading into LAX, a cheerful voice came through the air. "Welcome on board from your driver here! My name is Beautiful, and it spells as S-H-A-R-O-N. Hope you are having a wonderful day!" Thanks Sharon for bringing a smile to our faces and making my day beautiful already. ‪#‎xtraMiler‬

Tuesday, April 19, 2016

多哈风情

4月20日清晨,从West Bay的W Hotel往Hamad机场的途中:

寂静的街道

晨光中的都市

标新立异的建筑

拔地而起的高楼群

多哈的标志建筑之一

另一多哈标志建筑

偶尔能见的绿色

更多的绿色

政府大楼

议会大楼外的过客。整个卡塔尔有近两百万人口,但只有35万本地人有公民和投票权,其他的expat只有工作和居住权

在建中的艺术博物馆

终于到达多哈国际机场

候机大楼

候机大楼里中国商展

踏上归程